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Die Verfahren zur Modifizierung des Mausgenoms haben sich weit über die Generierung einfacher Knockout- oder transgener Mäuse hinausentwickelt. Heutige Technologien erlauben eine konditionale, d. h. räumliche und zeitliche, Kontrolle der Aktivität von Genen.

Erkennungssequenz-spezifische Rekombinasen (Site Specific Recombinase: SSR), wie z. B. die Cre- oder Flp-Rekombinase, ermöglichen den Zugang zu genetisch definierten Zellpopulationen und somit Zelltyp-spezifische Manipulationen von Genaktivität oder Zellfunktion.

Die Kombination sogenannter SSR-Treiber-Mauslinen (SSR Driver) mit (i) Mauslinien, bei denen ein Gen mit entsprechenden Erkennungssequenzen versehen (gefloxt) wurde; (ii) SSR-abhängigen Reportern-Mauslinien oder (iii) anderen mausgenetischen Werkzeugen, wie z. B. SSR-aktivierbaren Mauslinien für die Optogenetik (siehe auch Rein und Deussing, 2012), eröffnen fast unbegrenzte Möglichkeiten, die Funktion eines Gens, einer Zelle oder eines neuralen Netzwerkes zu untersuchen.

Die erst kürzlich etablierten Sequenz-spezifischen Nukleasen (Site-Specific Nuclease: SSN), wie die Transcription Activator-Like Effector Nukleasen (TALENs) sowie RNA-geleitete Nukleasen (RNA-Guided Nuclease: RGEN; z. B. CRISPR/Cas System), werden derzeit als nächste Generation von Werkzeugen etabliert, um die gezielte Modifikation des Mausgenoms weiter zu verfeinern und zu vereinfachen (weitere Informationen: siehe Deussing 2013).

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